La Secretaría General a cargo de José Cristóbal García García, representa la línea ejecutiva de la Confederación Canaria de Empresarios y es el órgano aglutinador de las actividades que se desarrollan en todos y cada uno de los órganos colegiados de gobierno que integran esta organización empresarial. 

Desde la Secretaría General se asume la gestión administrativa interna de la Confederación Canaria de Empresarios, su gerencia y la materialización y coordinación de todas las actividades. 

Corresponde, asimismo, a la Secretaría General actuar con tal carácter en las reuniones de la Asamblea General, Junta Directiva y cualquier otro órgano, comisión o agrupación colegiada, levantando acta de las mismas; asumiendo la posición de garantizar el cumplimiento de lo establecido en los Estatutos, y ejerciendo cada una de las funciones propias asignadas, con plena facultad de disposición, administración, gestión y representación en el ámbito de la Confederación Canaria de Empresarios. 

Al objeto de poder coordinar de una manera efectiva y con los asesoramientos técnicos que se estimen oportunos para el seguimiento, estudio y proposición de acuerdos o iniciativas a la Junta Directiva, en relación con cada uno de los ámbitos de actuación, se han constituido las Comisiones Especializadas que realizan una intensa labor en el ámbito jurídico y de asuntos laborales, asuntos económicos, formación, nuevas tecnologías y medio ambiente, asuntos internacionales, educación y gestión del conocimiento, desarrollo sostenible y transición ecológica, y temas sectoriales en áreas como el comercio, la actividad portuaria y economía azul, automoción y transportes, sanidad y asuntos paraaduaneros, además de turismo, industria, agricultura y construcción. 

La gestión de la Secretaría General se distribuye, así, entre los distintos departamentos y áreas de trabajo, encargados de aplicar las instrucciones emanadas de los órganos de gobierno de la Confederación y de elaborar los informes y trabajos especializados de cada una de las áreas de estudio.